基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析

• 作者: 刘贤德 李佳凯 王志勇 蔡明夷 陈小明 韩芳
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 大黄鱼 高温胁迫 简化基因组测序 单核苷酸多态性 全基因组关联分析
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 页码范围: 735-740
• 页数: 6页
• 分类号: Q344+.1
• 字数: 3868字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2017.91

摘要

利用Illumina HiSeqTM 2500测序平台,对通过高温胁迫实验筛选得到的20尾耐高温和20尾不耐高温的大黄鱼(Larimichthys crocea)进行了简化基因组测序(SLAF-seq),每个样本的平均测序深度达到10.26×,共获得419211个高质量的群体单核苷酸多态性(SNP)位点.利用TASSEL软件的混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS),共筛选到38个与大黄鱼耐高温性状显著相关的SNP位点(P<2.39E–08).利用BLAST程序定位每个SNP位点在大黄鱼基因组中的位置,并分析其周围的功能基因.结果在38个SNPs附近共找到26个已知的功能基因,这些基因主要与细胞转录、代谢、免疫等功能相关.研究结果可为下一步大黄鱼耐高温分子机制解析及耐高温品种的选育提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘贤德	集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室	31	371	12.0	18.0
2	王志勇	集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室	86	1707	22.0	39.0
3	蔡明夷	集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室	28	407	12.0	19.0
4	韩芳	集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室	9	53	3.0	7.0
5	李佳凯	集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室	4	57	4.0	4.0
6	陈小明	集美大学水产学院农业部东海海水健康养殖重点实验室	1	12	1.0	1.0