基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状

• 作者: 张一平 张会永 张贤 李国辉 殷建玫 王克华 王洪志 苏一军 邹剑敏 韩威
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鹿苑鸡 简化基因组测序 遗传多样性 保种现状
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 818-825
• 页数: 8页
• 分类号: S831.2
• 字数: 4043字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.05.005

摘要

本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状.利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,比较分析两个群体的遗传差异.结果,经过两步数据质控,在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个,两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8,群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6;在Structure模型聚类分析中两个群体始终聚为一类,没有个体分离出来,表明两个鹿苑鸡群体未发生显著遗传分化(P＞0.05).两个群体的近交系数Fis分别为0.178 8和0.193 5,相对较高的近交水平可能是由于起始基础群规模较小(抢救性保护)所导致的.进一步的选择信号分析发现,两个鹿苑鸡群体在1、2、5、Z等染色体区域(位点)上存在一定分化,通过Fst和θπ检验鉴定出58个受选择区域,筛选到96个受选择候选基因.GO和KEGG分析表明,这些差异基因主要富集在能量代谢、信号传递、应激免疫反应等调控通路.利用全基因组SNP标记信息可以更全面地评价保种现状,研究结果为进一步优化鹿苑鸡保种技术方案提供了依据.