结核分枝杆菌单核苷酸多态性特征的分析

• 作者: 李卫民 贾俊楠 陈海霞 高基民
• 来源期刊: 疾病监测
• 学科: 医学
• 关键词: 结核分枝杆菌 单核苷酸多态性 基因分型 系统进化
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 传染病监测
• 页码范围: 332-336
• 页数: 5页
• 分类号: R825.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.3784/j.issn.1003-9961.2017.04.018

摘要

目的 通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(MTB)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供参考依据.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)和欧洲核酸数据库(ENA)中共下载来自全球2 372株MTB全基因组序列,原始数据按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picardv 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用最大似然法软件RAxML v 8.2.8构建系统进化树;Genepop v 4.5.1软件计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);SnpEff v 4.3c软件注释.结果 初步筛选得到107 654个SNP位点,构建的系统进化树将2 347株MTB明确地划分为7个谱系以及69个亚谱系.优化后得到285个谱系定义的SNP位点,将2 347株MTB准确划分为7个分支及67个亚谱系.结论 本研究通过基因组序列分析发现一批基于系统进化的SNP位点,而且基于系统进化285个SNP位点不仅可以用于系统发育及进化相关分析,同时也能够作为基因分型技术靶标,用于结核病分子流行病学.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李卫民	首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室	16	153	6.0	12.0
5	高基民	温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室	32	23	2.0	4.0
6	贾俊楠	首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室	6	11	2.0	3.0
8	陈海霞	温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室	3	1	1.0	1.0