矮丛蓝莓品种“美登”叶片转录组测序和生物信息学分析

• 作者: 文光琴 王云生 聂飞
• 来源期刊: 北方园艺
• 学科: 农学
• 关键词: 生物信息学 矮丛蓝莓 转录组 高通量测序
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 101-107
• 分类号: S663.203.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.11937/bfyy.201701023

摘要

以矮丛蓝莓品种“美登”为试材,采用第二代测序技术对其嫩叶转录组进行了测序及生物信息学分析,研究了矮丛蓝莓功能基因组信息,以期增加对矮丛蓝莓生长发育分子机理的了解,并为矮丛蓝莓的分子标记辅助育种奠定基础.结果表明:在获得的约1G纯净数据,共拼装了41 929条Unigenes,其中被GO数据库成功注释Unigene分别涉及到生物学过程、细胞成分及分子功能相关的共45类生理代谢功能;KOG数据库注释到19 149条Unigenes,共涉及25条代谢通路;KEGG数据库成功注释13 072条Unigenes,共涉及到5个大类、18个中类、129条代谢通路;Nr数据库成功注释30 738条Unigenes,这些Unigenes共对应32 949条蛋白质的编码区.同时,生物信息学分析还显示,全部Unigenes中,有884条编码转录因子,涉及到55个家族;2 261条编码抗性基因,涉及18个家族;检测到6 591个SSR位点,其中2碱基重复的SSR数目最多,占总SSR位点数的70％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	聂飞		16	40	3.0	6.0