水牛胃型LYZ c基因多态性及功能生物信息学分析

• 作者: 周芳廷 哈福 张永云 苗永旺 范新阳 邱立华 陈涛
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 水牛 胃型LYZc基因 前肠发酵 序列分析 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 页码范围: 113-120
• 页数: 8页
• 分类号: Q78|S823.03
• 字数: 6121字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2017.06.017

摘要

胃型LYZ c的主要功能是裂解反刍动物胃中的微生物,释放营养物质,为机体提供养分.为了揭示水牛胃型LYZ c基因的遗传特征,采用PCR产物直接测序技术,对66头河流型和158头沼泽型水牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了比较基因组学和生物信息学分析.在水牛群体内共发现9个SNP位点,分别为c.87G>T、c.196G>A、c.228G>A、c.336G>C、c.351T>C、c.396C>T、c.423C>T、c.424G>A和c.438C>G,其中SNP87、SNP196、SNP336和SNP351仅存在于河流型水牛中,其他5个SNP为河流型和沼泽型水牛共享;SNP196和SNP424为异义替换,引起p.G66S和p.V142I氨基酸替换,但它们对水牛LYZ c的功能没有影响.在水牛胃型LYZ c基因中,共定义7种单倍型,确定了3种LYZ c变异体,其中变异体Buffalo 1、Buffalo 2为两类水牛共享,Buffalo 3为河流型水牛独有.水牛这3种变异体之间在氨基酸组成、理化特性与结构上基本一致.水牛与普通牛胃型LYZ c蛋白的上述特征也极相似,但水牛胃型LYZ c的等电点比普通牛更低.结果揭示水牛胃型LYZ c蛋白可能更适合胃中的酸性环境,具有分解胃中微生物的功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	苗永旺	云南农业大学动物科学技术学院	102	531	13.0	17.0
2	张永云	云南农业大学农科专业基础实验教学示范中心	29	113	6.0	10.0
3	哈福	云南农业大学动物科学技术学院	17	92	4.0	9.0
4	周芳廷	云南农业大学动物科学技术学院	3	0	0.0	0.0
5	范新阳	云南农业大学动物科学技术学院	7	2	1.0	1.0
6	邱立华	云南农业大学动物科学技术学院	4	1	1.0	1.0