基于高通量测序的犏牛囊胚玻璃化冷冻损伤机制研究

• 作者: 字向东 杨绕芬 杨远潇 王琴 蒲思颖 郑杰
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 犏牛 体外受精 囊胚 玻璃化冷冻 转录组测序
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 生物技术与繁殖
• 页码范围: 1871-1881
• 页数: 11页
• 分类号: S823.8+5.2
• 字数: 9176字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.10.010

摘要

本研究旨在利用RNA-seq技术从转录组学角度探讨犏牛囊胚玻璃化冷冻的损伤机制.采用体外受精(IVF)技术生产犏牛胚胎(奶牛精子×牦牛卵子),以新鲜犏牛囊胚和经玻璃化冷冻复苏后的冻融囊胚为研究对象,提取总RNA,使用Smart-seq2方法进行扩增并构建文库进行高通量测序.结果表明:新鲜囊胚和冻融囊胚样本经深度测序后,分别得到51 099 116和54 192 358条Clean Reads,其中80％以上Clean Reads被比对上参考基因组.冻融囊胚相对于新鲜囊胚共筛选出11 196个差异表达基因(DEGs),其中上调表达基因有7 570个,下调表达基因有3 626个.新鲜囊胚和冻融囊胚可变剪切数分别有49 016和64 352个;SNP位点数量分别为116 681和224 750个.差异基因GO功能分析主要富集于生物过程、细胞组成和分子功能3大类;KEGG注释结果表明,冻融囊胚与新鲜囊胚间共涉及318条通路,其中14条通路显著富集.推测犏牛囊胚冷冻损伤机制可能是通过剪接体、泛素介导蛋白水解和内质网蛋白加工等通路的相互协调以及Prp19、Prp4、CaM、PKA、Hsp70、CCL2等基因的差异表达来发挥生物学作用.综上表明,本研究利用RNA-seq技术首次从转录组学角度探讨了犏牛囊胚玻璃化冷冻的损伤机制,为完善胚胎的玻璃化冷冻提供新思路,同时也为进一步完善犏牛基因结构信息和胚胎玻璃化冷冻相关的新基因提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	字向东	西南民族大学生命科学与技术学院	81	350	9.0	15.0
2	蒲思颖	西南民族大学生命科学与技术学院	5	10	2.0	3.0
3	郑杰	西南民族大学生命科学与技术学院	5	13	3.0	3.0
4	杨远潇	西南民族大学生命科学与技术学院	6	9	2.0	3.0
5	王琴	西南民族大学生命科学与技术学院	9	11	2.0	3.0
6	杨绕芬	西南民族大学生命科学与技术学院	3	9	2.0	3.0