银杏MYB转录因子的鉴定及特征分析

• 作者: 丁娜 孙岩 孙惠英 李润植 王婷 石晓雯 贾小云
• 来源期刊: 山西农业大学学报(自然科学版)
• 关键词: MYB转录因子 银杏 类黄酮 转录组
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 林学与园艺
• 页码范围: 351-359
• 页数: 9页
• 分类号: S664.3|Q946.1
• 语种: 中文

摘要

[目的]MYB蛋白是真核生物中一类重要的转录因子,在植物形态建成、生长发育、初生和次级代谢产物合成等生命过程中起重要调控作用.银杏作为植物中的“活化石”,其提取物中含有的活性成分次生代谢物类黄酮等对人体有益.在类黄酮的生物合成中,MYB转录因子扮演着重要角色.本研究从转录组水平详细鉴定和分析了银杏Gb-MYB转录因子,为今后GbMYB的功能研究奠定基础,也为其他物种MYB转录因子的分析提供方法.[方法]本文首先利用B1ASTp和PlantTFbcat等生物信息学工具对银杏的MYB蛋白序列进行筛选和鉴定;其次运用MEME和MEGA 7.0软件分别对GbMYB蛋白进行基序扣系统进化分析;最后使用MeV对GbMYB在银杏各组织中的表达水平进行聚类分析.[结果]从41151个银杏蛋白中共鉴定出60个MYB转录因子,根据MYB保守域的特点将其分为R1-MYB、R2R3-MYB和R1R2R3-MYB三大类.系统进化树分析发现60个GbMYB可分为16个亚家族且具有相似功能的蛋白序列通常聚在一个家族.在银杏GbMYB蛋白中共检测到21种不同的保守基序.表达谱数据分析表明,一些GbMYB基因的表达具有组织特异性.[结论]本研究利用生物信息学方法,在银杏转录组水平上共鉴定出参与调控银杏各个组织发育的60个GbMYB转录因子;结合拟南芥AtMYB家族分类法将GbMYB分为16个亚家族;保守基序分析显示GbMYB在功能上具有多样性.研究结果为全面解析银杏MYB基因结构与生物学功能提供了新信息,也为进一步研究银杏GbMYB转录因子在次生代谢产物中的调控功能奠定了基础.