喹啉加氧酶中氧气扩散的通道分析

• 作者: 周超 王晓雷 石婷 赵一雷
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 喹啉加氧酶 氧气扩散 随机加速分子动力学 伞状抽样
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 物理化学
• 页码范围: 1813-1821
• 页数: 9页
• 分类号: O641
• 字数: 6494字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7503/cjcu20170202

摘要

通过生物信息学分析、量化计算优化、CAVER和MDpocket预测、随机加速分子动力学及伞状抽样动力学模拟等方法,对喹啉加氧酶(HOD)中的氧气扩散途径进行了计算预测.结果表明,氧气在HOD中的反应位点包埋在蛋白内部,而HOD中有数条可能的通道供氧气进出,其中长度最短的通道具有最高的优先度,不仅在随机加速动力学模拟中具有最高的氧气逸出概率,而且伞状抽样方法计算得到的自由能也最低.此通道的内端位于底物Re面的氧气结合位点,较好地解释了HOD的相关实验数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵一雷	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	5	2	1.0	1.0
2	周超	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	10	70	3.0	8.0
3	石婷	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	3	2	1.0	1.0
4	王晓雷	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	3	13	2.0	3.0