基于高通量测序的青石斑鱼基因组微卫星开发及评价

• 作者: 崔忠凯 杨官品 王升鹏 邵长伟 陈松林 高峰涛 魏敏
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 青石斑鱼 高通量测序 微卫星标记 多态性 群体遗传评价
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 52-57
• 页数: 6页
• 分类号: S917.4
• 字数: 3687字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20160185

摘要

本研究采用基因组高通量随机测序的方法对青石斑鱼(Epinephelus awoara)微卫星标记进行了发掘,结果共获得青石斑鱼(Epinephelus awoara)基因组原始数据2.860 G.采用MISA (MIcroSAtellite)软件进行微卫星位点搜索,获得967 657条微卫星序列.随机选取了96条微卫星序列设计引物并利用8尾青石斑鱼个体进行多态性位点筛选,共获得60个具有多态的微卫星标记.利用其中16个微卫星标记对一个青石斑鱼亲鱼群体的种群遗传学特征进行评价,共检测到129个等位基因,单个标记的表观等位基因数(NA)分布范围为2～14,平均为7.167;表观杂合度(Ho)分布范围为0.422～1.000,平均为0.678 6;期望杂合度(HE)分布范围为0.481～0.893,平均为0.676 8.有5个标记的等位基因频率不符合“哈迪-温伯格平衡”,其中EAW-55596、EAW-21755、EAW-30334 3个标记表现为杂合子显著缺失(P＜0.05),而EAW-33674和EAW-52520 2个标记表现为杂合子显著过剩(P＜0.05).连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象.多态信息含量(PIC)分布范围为0.362 3～0.872 2,平均PIC=0.639 7＞0.5,说明该亲鱼群体的遗传多样性比较高.而这些微卫星标记将对于青石斑鱼的遗传变异分析、亲缘关系鉴定提供了技术支持,这也将为青石斑鱼的分子遗传育种奠定了基础.