肾透明细胞癌相关基因及通路的筛选及生物信息学分析

• 作者: 王永志 王行环 王锦星
• 来源期刊: 现代泌尿外科杂志
• 关键词: 肾透明细胞癌 生物信息学 差异基因 枢纽基因 诊疗靶点
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 861-865,873
• 页数: 6页
• 分类号: R737.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-8291.2017.11.014

摘要

目的 运用生物信息学方法鉴别肾透明细胞癌(ccRCC)发生发展过程中的潜在靶基因及信号通路.方法 从GEO网站下载基因芯片GSE53000的数据集,用R软件识别肾透明细胞癌和正常肾组织之间的差异表达基因,并对差异表达基因进行层次聚类分析.然后用DAVID网站对差异基因进行基因本体(Gene ontology)分析和KEGG通路富集分析,最后用STRING网站和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,同时从中筛选出最具有意义的模块,并将其中的基因作为枢纽基因.结果 与 正常肾组织相比,共计1 175个基因在肾透明细胞癌中差异表达,其中533个基因高表达,642个基因低表达.基因本体分析显示与这些差异基因相关度最高的10个生物学过程分别是细胞粘附、白细胞迁移以及炎症反应等,KEGG分析结果显示最显著的10条信号通路包括补体和凝血级联通路、细胞粘附分子通路以及细胞因子-细胞因子受体互作通路.从PPI网络中共挑选出20个枢纽基因,其中有12个与炎症反应过程相关.结论 被鉴别出来的12个基因很有可能在肾透明细胞癌的发病过程中发挥重要的作用,可能在将来被用作人类肾透明细胞癌的治疗靶点和/或诊断标志物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王行环	武汉大学中南医院泌尿外科	103	444	12.0	15.0
2	王永志	武汉大学中南医院泌尿外科	4	13	2.0	3.0
3	王锦星	武汉大学中南医院泌尿外科	1	1	1.0	1.0