甘薯SPF1转录因子的生物信息学分析

• 作者: 曹清河 李元元 高志强
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘薯 SPF1 转录因子 WRKY结构域
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·生理生化
• 页码范围: 760-767
• 页数: 8页
• 分类号: S531.032
• 字数: 4320字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2017.04.006

摘要

WRKY蛋白是一类植物特有的转录因子超家族,SPF1是第一个从植物(高系14)中克隆的WRKY家族基因.借助生物信息学手段,对甘薯SPF1蛋白组成、结构和功能进行分析预测.结果表明,SPF1编码蛋白含有丰富的丝氨酸位点,并含有2个WRKY保守结构域,分别带有CX4 CX22 HXH和CX4 CX23 HXH锌指结构,分别形成4个和5个β-折叠片.SPF1和甘薯祖先种Ipomoea trifida WRKY结构域均具有非常保守的WRKYG(Q/K)K氨基酸序列,并且C端WRKY结构域的保守性比N端WRKY结构域的低.系统进化树分析结果显示,蛋白N端和C端的WRKY结构域分属2个不同的分支.蛋白结构预测结果显示,SPF1 WRKY结构区(204～445 aa)处于蛋白三维结构的内侧,形成非亲水性靶标DNA结合区.SPF1作为转录因子,在调控细胞核基因表达的同时,其蛋白N端序列具有叶绿体定位功能.推测SPF1可能参与细胞核和叶绿体的基因表达调控.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李元元		4	13	2.0	3.0
2	高志强	江苏师范大学药用植物生物技术省级重点实验室	1	5	1.0	1.0
3	曹清河		1	5	1.0	1.0