产琥珀酸丝状杆菌内切葡聚糖酶end-1基因密码子偏好性分析

• 作者: 其布日 刘红葵 吴青海 呼和 王蕴华 苏少锋 萨初拉 赵小庆
• 来源期刊: 畜牧与饲料科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 产琥珀酸丝状杆菌 内切葡聚糖酶 密码子偏好性 密码子优化 异源表达
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 基础科学
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 分类号: Q755|Q933
• 字数: 4063字
• 语种: 中文

摘要

产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)end-1基因表达的内切葡聚糖酶是能够降解纤维素的纤维素复合酶中的一种.利用Codon W、CUSP和CHIPS等相关软件分析产琥珀酸丝状杆菌内切葡聚糖酶end-1基因的密码子使用情况,比较end-1基因与大肠杆菌、酿酒酵母菌、枯草芽胞杆菌以及乳酸乳球菌的密码子偏好性.结果表明,内切葡聚糖酶end-1基因偏好使用G/C结尾的密码子,其中有25种偏好密码子(RSCU值大于1),偏好性较强的有GCT、TGC、GAA、GGT、CAC、ATC、CTC、CCG、CGT、TCC和TAC(RSCU值均大于或等于2);end-1基因的密码子偏好性与4个宿主的基因组密码子偏好性差异较大,其中与乳酸乳球菌的密码子偏好性差异最大.若使该基因在上述几种表达系统中得到较高水平的表达,则需要对其密码子进行优化.