快速的致病基因分析方法

• 作者: 单渊博 孙志伟 王林 蔡润身
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 全基因组关联研究 状态一致(IBS) 同源一致(IBD) 病例对照研究 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2017,（17）
• 所属期刊栏目: 理论与研发
• 页码范围: 47-52
• 页数: 6页
• 分类号: TP399
• 字数: 5055字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.1604-0365

摘要

目前通过IBD定位研究致病基因首先需要检测IBD片段,然后利用得到的IBD关系进行关联检测来定位致病基因,但是寻找IBD片段需要较长时间.提出了一种新的算法FADG,通过分析IBS和IBD的关系找出候选IBD片段,然后定义评价函数分别对病例组和对照组进行分析,差异最大的SNP位点就是致病位点.通过对GAW15提供的类风湿关节炎模拟数据的五个主要的致病位点和GS生成的模拟数据进行分析,实验结果与数据给定的致病位点一致;与已有的方法进行对比表明该算法在能找到正确位点的基础上效率较高;最后选择了RA数据中两条染色体分别进行permutation测试,验证算法得到致病位点的可信度,进一步排除所得结果假阳性的可能性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙志伟	天津科技大学计算机科学与信息工程学院	8	41	4.0	6.0
2	王林	天津科技大学计算机科学与信息工程学院	3	4	1.0	2.0
3	蔡润身	天津科技大学计算机科学与信息工程学院	4	2	1.0	1.0
4	单渊博	天津科技大学计算机科学与信息工程学院	1	0	0.0	0.0