非标记探针结合高分辨熔解曲线分析快速区分第1类整合子可变区启动子

• 作者: 关明 吕元 吕火烊 周永列 李刚 胡庆丰 蒋晓飞 魏取好
• 来源期刊: 中华检验医学杂志
• 关键词: 整合子类 启动区,遗传 抗药性,细菌 聚合酶链反应 高分辨率熔解曲线
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 95-100
• 页数: 6页
• 字数: 4233字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2017.02.005

摘要

目的：建立一种基于非标记探针结合高分辨率熔解曲线分析快速区分第1类整合子可变区启动子种类的方法。方法 PCR扩增质粒pACW （PcW）、pACWP2（PcW－P2）含可变区启动子区域的DNA片段，再分别以纯化的PCR产物为模板，用扩增子高分辨率熔解曲线分析对P2启动子进行区分。以质粒 pACS （ PcS ）、pACH2（ PcH2）、pACH1（ PcH1）、pACW （ PcW ）及肺炎克雷伯菌HS07－68（PcWTGN－10）、HS05－1792（PcH2TGN－10）基因组DNA为模板，结合定点突变，PCR扩增获得分别含8种不同Pc启动子序列的DNA片段，再分别以纯化的PCR产物为模板，联合运用扩增子和非标记探针高分辨率熔解曲线分析对8种不同Pc启动子进行区分。运用上述方法对2004—2007年95株非重复分离自华山医院住院患者尿液标本的第1类整合酶阳性大肠埃希菌中可变区启动子进行分析，并与测序结果进行比对。结果 P2启动子扩增子熔解曲线的熔链温度（ Tm）值明显高于无活性的P2启动子，通过扩增子高分辨率熔解曲线分析可将两者区分开，95株大肠埃希菌109个第1类整合子中，有2个整合子中检测出P2启动子，与测序结果完全一致。8种不同的Pc启动子通过扩增子高分辨率熔解曲线分析分为3组：PcS、PcSTGN－10；PcW、PcWTGN－10；PcH1、PcH1TGN－10、PcH2、PcH2TGN－10。非标记探针高分辨率熔解曲线分析将8种不同的 Pc 启动子分为4组 PcS， PcH1；PcH2， PcW；PcSTGN－10， PcH1TGN－10；PcH2TGN－10，PcWTGN－10。联合运用扩增子和非标记探针高分辨率熔解曲线分析可将8种不同的Pc启动子相互区分开，95株大肠埃希菌109个第1类整合子中，共检测出5种不同的Pc启动子PcS，PcW，PcH1，PcH2TGN－10，PcWTGN－10，与测序结果完全一致。结论本研究成功建立了一种基于非标记探针结合高分辨率熔解曲线分析的方法，用于快速区分第1类整合子可变区启动子，该方法结果准确、费用低，可用于临床对第1类整合子可变区启动子多态性的研究。（中华检验医学杂志，2017，40：95－100）

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周永列	浙江省人民医院检验中心	159	768	12.0	20.0
2	蒋晓飞	复旦大学附属华山医院检验医学科	65	553	13.0	21.0
3	关明	复旦大学附属华山医院检验医学科	105	460	10.0	15.0
4	胡庆丰	浙江省人民医院检验中心	92	475	12.0	17.0
5	吕元	复旦大学附属华山医院检验医学科	65	447	12.0	18.0
6	李刚	复旦大学附属华山医院检验医学科	31	191	7.0	13.0
7	吕火烊	浙江省人民医院检验中心	43	189	8.0	11.0
8	魏取好	上海市奉贤区中心医院检验科	3	5	2.0	2.0