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非标记探针结合高分辨熔解曲线分析快速区分第1类整合子可变区启动子
非标记探针结合高分辨熔解曲线分析快速区分第1类整合子可变区启动子
作者:
关明
吕元
吕火烊
周永列
李刚
胡庆丰
蒋晓飞
魏取好
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
整合子类
启动区,遗传
抗药性,细菌
聚合酶链反应
高分辨率熔解曲线
摘要:
目的:建立一种基于非标记探针结合高分辨率熔解曲线分析快速区分第1类整合子可变区启动子种类的方法。方法 PCR扩增质粒pACW (PcW)、pACWP2(PcW-P2)含可变区启动子区域的DNA片段,再分别以纯化的PCR产物为模板,用扩增子高分辨率熔解曲线分析对P2启动子进行区分。以质粒 pACS ( PcS )、pACH2( PcH2)、pACH1( PcH1)、pACW ( PcW )及肺炎克雷伯菌HS07-68(PcWTGN-10)、HS05-1792(PcH2TGN-10)基因组DNA为模板,结合定点突变,PCR扩增获得分别含8种不同Pc启动子序列的DNA片段,再分别以纯化的PCR产物为模板,联合运用扩增子和非标记探针高分辨率熔解曲线分析对8种不同Pc启动子进行区分。运用上述方法对2004—2007年95株非重复分离自华山医院住院患者尿液标本的第1类整合酶阳性大肠埃希菌中可变区启动子进行分析,并与测序结果进行比对。结果 P2启动子扩增子熔解曲线的熔链温度( Tm)值明显高于无活性的P2启动子,通过扩增子高分辨率熔解曲线分析可将两者区分开,95株大肠埃希菌109个第1类整合子中,有2个整合子中检测出P2启动子,与测序结果完全一致。8种不同的Pc启动子通过扩增子高分辨率熔解曲线分析分为3组:PcS、PcSTGN-10;PcW、PcWTGN-10;PcH1、PcH1TGN-10、PcH2、PcH2TGN-10。非标记探针高分辨率熔解曲线分析将8种不同的 Pc 启动子分为4组 PcS, PcH1;PcH2, PcW;PcSTGN-10, PcH1TGN-10;PcH2TGN-10,PcWTGN-10。联合运用扩增子和非标记探针高分辨率熔解曲线分析可将8种不同的Pc启动子相互区分开,95株大肠埃希菌109个第1类整合子中,共检测出5种不同的Pc启动子PcS,PcW,PcH1,PcH2TGN-10,PcWTGN-10,与测序结果完全一致。结论本研究成功建立了一种基于非标记探针结合高分辨率熔解曲线分析的方法,用于快速区分第1类整合子可变区启动子,该方法结果准确、费用低,可用于临床对第1类整合子可变区启动子多态性的研究。(中华检验医学杂志,2017,40:95-100)
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文献信息
篇名
非标记探针结合高分辨熔解曲线分析快速区分第1类整合子可变区启动子
来源期刊
中华检验医学杂志
学科
关键词
整合子类
启动区,遗传
抗药性,细菌
聚合酶链反应
高分辨率熔解曲线
年,卷(期)
2017,(2)
所属期刊栏目
论著
研究方向
页码范围
95-100
页数
6页
分类号
字数
4233字
语种
中文
DOI
10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2017.02.005
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
周永列
浙江省人民医院检验中心
159
768
12.0
20.0
2
蒋晓飞
复旦大学附属华山医院检验医学科
65
553
13.0
21.0
3
关明
复旦大学附属华山医院检验医学科
105
460
10.0
15.0
4
胡庆丰
浙江省人民医院检验中心
92
475
12.0
17.0
5
吕元
复旦大学附属华山医院检验医学科
65
447
12.0
18.0
6
李刚
复旦大学附属华山医院检验医学科
31
191
7.0
13.0
7
吕火烊
浙江省人民医院检验中心
43
189
8.0
11.0
8
魏取好
上海市奉贤区中心医院检验科
3
5
2.0
2.0
传播情况
被引次数趋势
(/次)
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引文网络
引文网络
二级参考文献
(10)
共引文献
(3)
参考文献
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节点文献
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同被引文献
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二级引证文献
(1)
1994(1)
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1999(1)
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2004(1)
参考文献(1)
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2006(3)
参考文献(2)
二级参考文献(1)
2007(2)
参考文献(2)
二级参考文献(0)
2009(3)
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2010(4)
参考文献(2)
二级参考文献(2)
2011(4)
参考文献(2)
二级参考文献(2)
2012(2)
参考文献(2)
二级参考文献(0)
2013(1)
参考文献(1)
二级参考文献(0)
2015(1)
参考文献(1)
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2017(0)
参考文献(0)
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引证文献(0)
二级引证文献(0)
2018(1)
引证文献(1)
二级引证文献(0)
2019(1)
引证文献(0)
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2020(1)
引证文献(1)
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研究主题发展历程
节点文献
整合子类
启动区,遗传
抗药性,细菌
聚合酶链反应
高分辨率熔解曲线
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中华检验医学杂志
主办单位:
中华医学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1009-9158
CN:
11-4452/R
开本:
大16开
出版地:
北京市西城区宣武门东河沿街69号
邮发代号:
2-71
创刊时间:
1978
语种:
chi
出版文献量(篇)
7229
总下载数(次)
38
总被引数(次)
76070
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