基于神威太湖之光的NAMD软件的移植与优化

• 作者: 余洋 姚文军 安虹 廖陈志 苏志超 陈俊仕
• 来源期刊: 计算机工程与科学
• 学科: 工学
• 关键词: 分子动力学模拟 神威超级计算机 异构多核处理器
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 高性能计算
• 页码范围: 1022-1030
• 页数: 9页
• 分类号: TP393.027
• 字数: 6665字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-130X.2017.06.002

摘要

纳米级粒度分子动力学NAMD是基于Charm++并行编程模型的开源免费分子动力学模拟软件,能够在大规模并行计算机上快速模拟百万原子级别的大分子体系.太湖之光是中国自主研发的超级计算机,峰值性能为125.4 Pflop/s,共有1 000多万个核心,整机Linpack效率不低于70％.NAMD在空间上对原子进行划分,在计算上对力进行划分,充分曝露出单步模拟的并行度,并通过CHARM++对负载平衡进行调控.针对NAMD进行模拟计算时的特点,移植并优化了NAMD的核心计算代码,让其能够更好地运行在超级计算机神威太湖之光上,优化后性能提高了近20倍,单个核组的性能较IntelXeonE5-2650 v2提高3倍.扩展性方面目前至多可达到325万核的并行度,突破百万核大关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	安虹	中国科学技术大学计算机系科学与技术学院	65	224	7.0	12.0
2	余洋	中国科学技术大学计算机系科学与技术学院	16	19	3.0	4.0
3	陈俊仕	中国科学技术大学计算机系科学与技术学院	10	25	3.0	5.0
4	姚文军	中国科学技术大学计算机系科学与技术学院	3	14	2.0	3.0
5	苏志超	中国科学技术大学计算机系科学与技术学院	1	11	1.0	1.0
6	廖陈志	中国科学技术大学计算机系科学与技术学院	1	11	1.0	1.0