基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测

• 作者: 倪伟 张佳腾 徐金 杨恒峰 毛志泉 沈向 陈学森 高付凤
• 来源期刊: 植物生理学报
• 关键词: 苹果 RNA-Seq 基因结构优化 新转录本预测
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1532-1538
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13592/j.cnki.ppj.2016.0533

摘要

苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱,但是基因注释信息很不完善,因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测.以'富士'花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA,构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序,获得高质量的序列(clean reads).将得到的结果与苹果'金冠'参考基因组进行比对,共优化了13272个已注释基因的结构,优化基因5′端和3′端数目分别为8843个和8955个,另外,共鉴定得到1604个新的转录本,部分基因参与了苹果的转录表达调控、生长调节、氨基酸和糖类等的代谢过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈学森		148	3891	38.0	56.0
2	毛志泉		72	1237	19.0	33.0
3	沈向		74	1335	22.0	34.0
4	倪伟		9	48	4.0	6.0
5	徐金		5	9	2.0	3.0
6	张佳腾		2	0	0.0	0.0
7	高付凤		1	0	0.0	0.0
8	杨恒峰		1	0	0.0	0.0