半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析

• 作者: 庄晓东 朱志明 李丽 章琳俐 缪中纬 辛清武 郑嫩珠
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 半番鸭 番鸭 精巢组织 差异表达基因 转录组
• 年，卷（期）: 2017,（18）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·资源昆虫
• 页码范围: 3608-3619
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.18.016

摘要

[目的]研究半番鸭与番鸭精巢组织转录组差异表达基因,为进一步阐明半番鸭不育的遗传机制奠定理论基础.[方法]利用转录组测序方法对半番鸭和番鸭的精巢组织进行研究,筛选其差异表达基因,并对其功能进行注释和荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,QRT-PCR)验证.[结果]测序共获得43.84Gb Clean Data,组装后共获得193535条Unigene.DESeq分析发现3597个基因在两个鸭品种间差异表达,其中上调基因1194个和下调基因2403个,包括与生殖功能相关的基因,如成纤维细胞生长因子(fibroblast growth factor,FGF)、蛋白激酶A(protein kinaseA,PKA)、丝裂原活化蛋白激酶7(mitogen-activated protein kinase 7-like,partial,BMK)、生长因子受体结合蛋白2(growth factor receptor-bound protein 2,GRB2)、c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)和肿瘤坏死因子受体超家族成员6(tumor necrosis factor receptor superfamily member 6,FAS)等.GO(gene Ontology)分析发现382个差异基因获得功能注释,其中97个基因涉及发育繁殖生物学过程.KEGG(kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析表明差异表达基因共富集到50条信号通路中,其中17个通路显著富集,包括丝裂原活化蛋白激酶信号转导通路(mitogen-activated protein kinase signaling pathway,MAPK)、甘油酯代谢(glycerolipid metabolism)以及钙信号途径(calcium signaling pathway)信号通路等,与生殖功能密切相关的有促性腺激素释放激素信号通路(gonadotropin releasing hormone(GnRH)signaling pathway)和MAPK信号转导通路.经QRT-PCR验证,差异基因表达变化模式与转录组测序结果一致,测序结果可靠.[结论]在转录组水平上筛选出半番鸭和番鸭精巢组织差异表达基因,揭示了GnRH和MAPK信号通路在鸭的生殖活动中发挥了重要作用,为进一步探索半番鸭生殖系统的分化机理提供可靠的参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱志明	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	80	366	9.0	13.0
2	郑嫩珠	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	85	403	10.0	13.0
4	缪中纬	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	79	362	9.0	13.0
5	辛清武	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	48	193	7.0	11.0
6	李丽	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	25	96	6.0	9.0
9	章琳俐	福建省农业科学院畜牧兽医研究所	11	20	3.0	4.0