李属坏死环斑病毒辽宁桃树分离物基因组分析

• 作者: 任芳 张双纳 张尊平 李正男 胡国君 范旭东 董雅凤
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 李属坏死环斑病毒 基因组 复制酶相关蛋白 运动蛋白 外壳蛋白
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 2275-2284
• 页数: 10页
• 分类号: S662.3|Q939.46
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0408

摘要

采用RT-PCR和RACE技术,克隆了李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)辽宁桃树分离物全长基因组.用Vector NTI Advance 11软件进行基因组结构注释.用SDTv.1.0软件分析该分离物与GenBank中公布的其他PNRSV分离物间的核酸一致性,并用MEGA5.0软件和RDP3软件对各PNRSV分离物进行系统发育分析和重组分析.结果显示:PNRSV辽宁桃树分离物基因组由3条正义单链RNA组成.RNA1由3 332个核苷酸构成,具有一个开放阅读框(nt 30 ～3 167),编码一个约117.0kD的复制酶相关蛋白P1.RNA2由2 591个核苷酸构成,具有一个开放阅读框(nt 27 ～2 426),编码一个约99.0 kD的复制酶相关蛋白P2.RNA3由1 943个核苷酸构成,具有两个互不重叠的开放阅读框分别编码一个运动蛋白(nt 175 ～1 026)和一个外壳蛋白(nt 1 100～1 774),这两个开放阅读框的间隔区为73个核苷酸.PNRSV辽宁桃树分离物的RNA1、RNA2和RNA3与其他已经公布的PNRSV分离物间,核酸序列一致性分别为91.8％ ～ 98.8％,93.3％ ～ 99.2％和87.7％ ～ 99.0％.基于RNA1、RNA2和RNA3全长序列构建的系统发育进化树,分别将已报道的PNRSV分离物划分为3个、2个和3个组,PNRSV辽宁桃树分离物分别属于RNA1Ⅰ组、RNA2Ⅰ组和PV96组.基于RNA1、RNA2和RNA3全长序列进行的重组分析表明各PNRSV分离物基因组间不存在重组.PNRSV辽宁桃树分离物基因组序列是世界首个来源于桃树的PV96组基因组序列.