铁皮石斛EST-SSR分子标记的开发

• 作者: 付涛 何月秋 李文 林立 胡仲义
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 铁皮石斛 金钗石斛 EST-SSR 分子标记 引物开发
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 663-670
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2017.04.0663

摘要

为了开发铁皮石斛EST-SSR分子标记,利用SSRIT软件对铁皮石斛近缘物种-金钗石斛的15 383条EST序列进行SSR位点查找,利用Primer 5和Olig0 7软件进行引物设计和评价,之后经PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳对引物进行初步筛选,并通过聚丙烯酰氨凝胶电泳对所筛选的引物进行有效性检测.结果表明,SSRIT软件共查找到370条SSR位点序列,共有379个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为2.46％.二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占41.42％、26.91％和27.44％,其中二核苷酸重复中AG/CT (20.84％)和GA/TC(18.73％)最丰富;三核苷酸重复中TCT/AGA (4.22％)和GA/TC (3.96％)最丰富;而六核苷酸重复基元较多.EST-SSR平均长度为24 bp,平均每8.5条EST序列包含1个SSR位点.设计的106对EST-SSR引物中有50对能扩增出理想的PCR产物,引物有效扩增率为47.17％,其中有43对能够扩增出多态性条带,占可扩增引物的86％.本研究开发的43对引物为铁皮石斛遗传多样性分析、种质鉴定、遗传图谱构建和功能基因研究等提供了重要的参考价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何月秋		23	95	5.0	8.0
2	林立		19	83	6.0	8.0
3	付涛		15	88	5.0	9.0
4	李文		4	45	3.0	4.0
5	胡仲义		8	62	5.0	7.0