分子相似性是虚拟筛选技术的重要环节,在计算机辅助药物设计中有着关键作用.在2D Fingerprint相似性判别过程中,一些典型的分子相似性评估过程使用了Hash函数进行分子指纹映射,然而Hash函数固有的冲突问题极易降低分子指纹的映射精度.提出了一种基于计数型布隆过滤器的指纹映射方法,对相似性判别过程进行了有效改进,并采用DUD LIB VS 1.0数据集对改进方法进行了比较验证,将ROCE,AUC,awROCE,awAUC值作为评价标准.与其他原始分子相似性方法相比,所提方法有效地提高了相似性判断的准确性和骨架跃迁能力.