紫色黄秋葵转录组功能基因测序及分析

• 作者: 何炎森 吴松海 张少平 张帅 邱珊莲 郑云云 郑开斌
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 紫色黄秋葵 转录组基因 测序分析 功能注释
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 643-653
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2017.04.0643

摘要

黄秋葵为药食兼用型植物,富含花青素、多糖、黄酮及萜类等活性成分.为探讨黄秋葵次级代谢过程中这些活性物质合成的遗传基础,以紫色黄秋葵嫩茎叶为材料,采用Illumina HiSeq 2500高通量转录组测序技术获得23 026 500个短读序,经组装获得42 484个Unigene,平均长度877 bp.31 931个和21 926个Unigene分别在Nr和SwissProt数据库有同源比对信息;Unigene与COG、KOG数据库进行比对,根据其功能各分为24类和25类;通过Pfam数据库,所注释到的20 031个Unigene分属于7 277类蛋白结构域;GO注释到18 602个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等三大类的51个功能组,其中大量Unigene与细胞部分、细胞、催化活性、结合活性、代谢进程及细胞进程相关;根据KEGG数据库,可将7 619个Unigene定位到119个代谢途径分支,其中有1、3、35、61、13和70个Unigene分属于花色素苷、黄酮、类黄酮、N-多糖、二萜类和萜类骨架生物合成路径,它们可能参与这些活性物质的生物合成.本研究结果为后续深入开展黄秋葵花青素、黄酮类等物质代谢合成途径及相关功能基因研究奠定了基础.