四川麻鸭mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析

• 作者: 何桦 刘贺贺 吴启超 张军 张涛 李思德 罗俊 谢艾轩
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 线粒体基因组 四川麻鸭 遗传进化
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 436-445
• 页数: 10页
• 分类号: S834.83|S813
• 字数: 5839字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.03.006

摘要

本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考.研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列.结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604 bp,碱基组成为A(29.19％)、C(32.82％)、G(15.79％)、T(22.20％),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(D-loop区).使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构.对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框.用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张涛	四川农业大学动物科技学院	7	66	4.0	7.0
2	何桦	四川农业大学动物科技学院	12	21	3.0	4.0
3	刘贺贺	四川农业大学动物科技学院	22	47	5.0	6.0
4	罗俊	四川农业大学动物科技学院	5	5	2.0	2.0
5	张军	四川农业大学动物科技学院	8	56	5.0	7.0
6	谢艾轩	四川农业大学动物科技学院	2	3	1.0	1.0
7	吴启超	四川农业大学动物科技学院	2	3	1.0	1.0
8	李思德	四川农业大学动物科技学院	1	3	1.0	1.0