剑麻斑马纹病菌EST-SSR标记开发与评价

• 作者: 习金根 吴伟怀 易克贤 李锐 杨蕊馨 梁艳琼 汪全伟 汪涵 贺春萍 郑金龙 黄兴
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 剑麻斑马纹病菌 表达序列标签(EST) SSR 分子标记
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术,组织培养
• 页码范围: 1094-1100
• 页数: 7页
• 分类号: O78|S563.8
• 字数: 4521字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2017.06.018

摘要

剑麻斑马纹病是剑麻生产中具有破坏性的一种真菌病害.本研究从GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest)中随机下载10 525条寄生疫霉EST序列,经过去冗余处理后得到5 519条无冗余EST.利用MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件进行SSR发掘,从中共搜索到199个1～6碱基SSR,其中三核苷酸重复基元类型最多,共鉴定到55个,占SSR总数的27.6％;其次是二核苷酸重复基元类型和单核苷酸重复基元类型,分别鉴定到51和47个,各占所鉴定SSR总数的25.6％和23.6％.进一步分析表明,AG/CT二核苷酸重复基元类型为优势重复类型,占二核苷酸SSR总数的76.5％.而AAG/CTT和AGC/CTG 2个基元类型在三核苷酸中出现频率最多,分别为15和11次,分别占三核苷酸SSR总数的27.3％及20.0％.从鉴定的199个SSR中,选取含有SSR的合适区段设计了22对引物,并通过18个剑麻斑马纹病菌菌株的基因组DNA进行了评价,结果只有其中9对引物能从剑麻斑马纹病菌基因组DNA中有效扩增,其扩增移效率为40.9％.由此表明,利用此方法来开发剑麻斑马纹病菌的分子标记具有可行性,只是存在一个转移效率问题.