基于Intel MIC平台大规模耗散粒子动力学模拟的设计与优化

• 作者: 何连花 刘倩 张宝花 徐顺 金钟
• 来源期刊: 计算机工程与科学
• 学科: 工学
• 关键词: 耗散粒子动力学 众核 图像处理单元 分子动力学
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 高性能计算
• 页码范围: 1391-1396
• 页数: 6页
• 分类号: TP391.9
• 字数: 5183字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-130X.2017.08.001

摘要

耗散粒子动力学(DPD)模拟是一种重要的研究流体动力学特性的计算模拟方法,基于Intel MIC平台设计实现了面向大规模耗散粒子动力学模拟,充分结合了DPD模拟本身的特性和MIC平台的特征.对DPD模拟中的近邻列表构建和短程作用力关键代码实现了向量化优化,在CPU和MIC协处理器之间采用任务计算负载平衡机制,支持MPI进程内线程数量负载平衡控制.分别在原型程序上和LAMMPS集成中做了性能对比分析,实验结果显示了引入相关优化技术的有效性,为进一步研究面向MIC众核平台的分子动力学相关工作奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	金钟	中国科学院计算机网络信息中心	15	15	2.0	3.0
3	刘倩	中国科学院计算机网络信息中心	52	218	9.0	13.0
7	张宝花	中国科学院计算机网络信息中心	7	9	2.0	3.0
11	徐顺	中国科学院计算机网络信息中心	7	6	1.0	2.0
15	何连花	中国科学院计算机网络信息中心	4	0	0.0	0.0