中国禽源新城疫病毒(NDV)流行株F和HN基因的遗传演化和变异频率

• 作者: 刘星丽 张伟 徐怀英 欧阳文军 王友令 秦卓明 秦春芝 黄迪海
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 新城疫病毒 F基因 HN基因 遗传演化 替代频率
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 分子流行病学分析
• 页码范围: 2933-2941
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.170422

摘要

[目的]新城疫(ND)是中国流行最严重的疫病之一,对家禽业可造成巨大的经济损失,疫苗防控是控制ND的重要措施.新城疫病毒(NDV)流行株的遗传演化一直是研究NDV的焦点.本文利用分子信息学手段,通过比较近20年间NDV流行株不同基因型F和HN基因的分子特征和遗传变异频率,解析免疫压力下NDV的演化规律.[方法]利用Lasergene 7.1和MEGA5.1软件,选取本实验室89株NDV分离株,结合从GenBank下载的364株NDV流行株以及15株NDV经典毒株的基因序列,对其进行系统发育、分子特征和替代频率分析.[结果]系统发育表明,NDV已经演化为15个基因型.一致性比较显示,NDV流行株相同基因型之间核苷酸(氨基酸)高度同源,而不同基因型之间差异较大且存在明显的氨基酸变异积累.NDV基因型的分布与时间、地域密切相关,Ⅶd亚型为中国NDV优势流行株.为评估NDV变异的频率,以Go/GD/QY/1997株(中国较早发生的基因Ⅶ亚型)为参照,1997-2015年间NDV的F/HN基因的年平均核苷酸(氨基酸)替代率为2.31×10 3 (2.26×10 3)/3.37×10 3 (2.35×10-3).其中,1997-2001年(未使用基因Ⅶ型疫苗)F/HN基因核苷酸年平均替代率为4.72× 10-3/8.28× 10-3;2002-2015年(疫苗使用后)为1.6×10-3/1.84×10-3,显示出基因Ⅶ型疫苗在控制NDV变异速度方面具有明显的效果.[结论]生物信息学分析证实:研制出与NDV流行毒株相匹配的新型疫苗是控制当前NDV变异的关键.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐怀英	山东农业科学院家禽研究所	14	129	7.0	11.0
2	王友令	山东农业科学院家禽研究所	9	74	5.0	8.0
3	张伟	山东农业科学院家禽研究所	81	478	12.0	19.0
4	黄迪海		19	58	4.0	7.0
5	刘星丽		4	4	2.0	2.0
6	秦春芝		4	11	2.0	3.0
7	欧阳文军	山东农业科学院家禽研究所	6	71	5.0	6.0