烟草不同部位内生细菌的多样性

• 作者: 何群香 华金珠 徐松萍 徐胜光 林丽 陈泽斌 黄丽
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 烟草 营养器官 内生细菌 组成 多样性 分布规律 生物信息学 宿主 优势菌 基因工程菌
• 年，卷（期）: 2017,（22）
• 所属期刊栏目: 资源与环境
• 页码范围: 274-278
• 页数: 5页
• 分类号: S572.01|Q939.92
• 字数: 4200字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2017.22.073

摘要

为了揭示烟草不同器官中内生细菌的分布规律,应用Illumina测序平台的MiSeq高通量测序仪对烟草根、茎、叶中内生细菌的16S rDNA-V4区扩增子进行测序,对测得数据进行生物信息学分析,评价物种α多样性和β多样性.经FLASH软件对序列进行拼接,茎、叶、根样品分别获得36129、60312、52573条原始序列,经Qiime软件过滤,再剔除宿主的叶绿体和线粒体序列,最终分别得到35190、58938、51268条有效序列,在97%的序列相似性水平上,这些有效序列被Uparse软件划分为1447、1141、1220个操作分类单元(OTUs).序列比对结果表明,在根、茎、叶中芽球菌属(Blastococcus)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)为优势菌.类诺卡氏菌属(Nocardioides)、链霉菌属(Streptomyces)、Gemmatimonadaceae属、Gaiella属、壤红杆菌属(Solirubrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)细菌表现出组织专一性,主成分分析表明,根和叶中内生细菌群落结构最为相似.烟草植株内蕴含丰富的细菌资源,受组织结构及成分因素影响表现出器官差异性,即茎>根>叶.通过对烟草不同部位内生细菌多样性进行研究,可为烟草植物生物活性内生菌株的发掘利用提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄丽		5	28	4.0	5.0
3	陈泽斌		57	191	7.0	10.0
5	华金珠		15	23	3.0	4.0
7	林丽		7	15	3.0	3.0
13	徐胜光		7	27	3.0	5.0
14	何群香		4	5	1.0	2.0
17	徐松萍		1	5	1.0	1.0