基于转录组分析华细辛甲基丁香酚生物合成途径的相关基因

• 作者: 刘忠 刘晋杰 林懋怡 柳威 牛卉
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 华细辛 转录组 苯丙素类生物合成途径 甲基丁香酚 Unigene
• 年，卷（期）: 2017,（15）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 3160-3167
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2017.15.023

摘要

目的 获得华细辛Asarum sieboldii转录组数据库和差异表达基因,识别华细辛甲基丁香酚生物合成相关基因.方法 以华细辛地下部分(根)和地上部分(叶片)2个样本作为供试材料,采用Illumina Hiseq 4000进行转录组测序,并从头拼接,对Unigene进行功能注释和差异性分析.结果 共获得12.25 Gb数据,拼接得到129 003个Unigene,可归类于52个GO分类,涉及363条KEGG代谢通路.分析发现,共有439个差异表达基因,其中上调基因占38.3％,下调基因占61.7％,差异较大;136个Unigene与苯丙素类次生代谢途径相关,其中44个Unigene参与甲基丁香酚的生物合成过程.结论 本研究得到大量华细辛转录本信息,所发掘的与甲基丁香酚生物合成相关的Unigene为相关基因的分离、功能验证及其表达调控机制的阐明提供了重要依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘忠	上海交通大学药学院	19	251	8.0	15.0
2	牛卉	上海交通大学药学院	3	17	2.0	3.0
3	柳威	上海交通大学药学院	6	19	2.0	4.0
4	林懋怡	上海交通大学药学院	5	7	2.0	2.0
5	刘晋杰	上海交通大学药学院	4	5	1.0	2.0