基于SLAF-seq技术的红心火龙果SNP位点开发及遗传分析

• 作者: 俞超 汪财生 金从标 陈佳怡 陈煜
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 红心火龙果 SLAF-seq SNP位点 遗传分析
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 作物栽培与营养、遗传育种、植物生态学
• 页码范围: 591-596
• 页数: 6页
• 分类号: S667.9
• 字数: 3249字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2017.04.002

摘要

为分析不同品种红心火龙果的遗传关系,本研究采集国内14种红心火龙果品种,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,将所提取基因组进行酶切,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库后进行高通量测序,将获得的序列进行分析比较后得到多态SLAF标签,在此标签基础上进一步开发特异性SNP位点,最后建立14种红心火龙果品种的进化树.本研究共开发159 560个SLAF标签,样品的平均测序深度为5.26×;共得到120 294个群体SNP,其中高一致性的群体SNP 51 859个.12种红心火龙果聚类结果发现,样品1、2、6、8、10同缘关系相近;样品3、5、7、9同缘关系相近;样品4、14同缘关系相对较近.研究表明应用SLAF-seq技术开发分子标记的效率比ISSR、RAPD、AFLP等常规技术更高.12种红心火龙果的聚类结果从基因组水平揭示不同地区品种之间的遗传分化关系,为火龙果种质的保护和遗传改良提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	汪财生		84	443	12.0	17.0
2	俞超		39	159	9.0	10.0
3	陈佳怡		2	10	1.0	2.0
4	陈煜		7	12	2.0	3.0
5	金从标		2	10	1.0	2.0