黄芪miRNA的预测及其干旱表达模式分析

• 作者: 周宜君 李华云 肖自华 韦春香 高飞 黄曦
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 黄芪 miRNA 生物信息学 定量PCR 干旱胁迫
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 155-164
• 页数: 10页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2017.01.022

摘要

目的 利用生物信息学手段预测黄芪Astragalus membranaceus的miRNA及其靶基因,应用定量PCR分析其干旱胁迫表达模式,为黄芪miRNA研究奠定基础.方法 下载公共核酸数据库中的黄芪高通量测序序列,使用Trinity软件拼接获得转录本数据.利用生物信息学预测方法进行黄芪miRNA及其靶基因的预测,并对靶基因进行功能分类分析.利用茎环引物荧光定量PCR方法验证miRNA的存在,并分析miRNA在干旱胁迫下的表达模式.结果 序列拼接获得88 263条黄芪转录组数据.使用这些数据预测到分属于17个家族的17个miRNA序列以及相应的茎环结构前体.这些miRNA靶向的145个基因主要参与基因转录调控、物质代谢、信号转导、胁迫应答和蛋白翻译后修饰等生物学过程.随机选取8个miRNA进行茎环引物荧光定量PCR验证,其干旱逆境表达模式分析表明miR2118和miR166可能参与了黄芪的干旱胁迫应答.结论 预测的黄芪miRNA、靶基因以及干旱应答miRNA,为理解miRNA在黄芪中的生物学功能提供了重要数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周宜君	中央民族大学生命与环境科学学院	126	1498	20.0	33.0
2	高飞	中央民族大学生命与环境科学学院	42	203	8.0	12.0
3	肖自华	中央民族大学生命与环境科学学院	6	12	2.0	3.0
4	李华云	中央民族大学生命与环境科学学院	5	19	3.0	4.0
5	韦春香	中央民族大学生命与环境科学学院	3	10	2.0	3.0
6	黄曦	中央民族大学生命与环境科学学院	1	4	1.0	1.0