基于竹节参转录组的SSR分子标记开发和鉴定

• 作者: 张绍鹏 张超凡 朱闻君 程扬 邹飘
• 来源期刊: 中药材
• 学科: 医学
• 关键词: 竹节参 转录组 SSR多态性 分子标记
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 资源与鉴别
• 页码范围: 2805-2809
• 页数: 5页
• 分类号: R282.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.13863/j.issn1001-4454.2017.12.013

摘要

目的:开发鉴定竹节参SSR分子标记,深入研究竹节参的遗传多样性.方法:基于竹节参转录组数据,利用MISA软件进行SSR序列的查找及特征分析;并根据SSR两翼序列设计引物,优化反应体系,以5种不同居群的竹节参为模板检测SSR引物的多态性.结果:在竹节参转录组的66 403条unigenes中找到12 244个SSR位点,共分布于10 299条unigenes中,SSR发生频率为15.51％;SSR重复基序则以2、3、5、6重复类型为主,各自最多的重复单位分别为:AT/AT(44.87％)、AAG/CTT(24.00％)、AAAAT/ATTTT(19.28％)、AAAAAT/ATTTTT(6.54％).设计30对SSR引物进行PCR扩增,24对可扩增得到特异性条带;通过竹节参样品检测引物多态性,最终获得18对稳定的多态性SSR引物.结论:竹节参的SSR位点类型丰富,分布密集,将为竹节参及其近缘种的分子鉴定和遗传多样性研究奠定分子基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张绍鹏	武汉轻工大学生物与制药工程学院	16	23	2.0	4.0
2	朱闻君	武汉轻工大学生物与制药工程学院	2	0	0.0	0.0
3	程扬	武汉轻工大学生物与制药工程学院	1	0	0.0	0.0
4	邹飘	武汉轻工大学生物与制药工程学院	1	0	0.0	0.0
5	张超凡	武汉轻工大学生物与制药工程学院	1	0	0.0	0.0