基于COI基因序列的泥蚶遗传多样性和种群结构分析

• 作者: 柴雪良 滕爽爽 程雪艳 肖国强
• 来源期刊: 科技通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 泥蚶 COI基因 种群结构 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 66-72
• 页数: 7页
• 分类号: Q38
• 字数: 4524字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13774/j.cnki.kjtb.2017.08.014

摘要

为了研究泥蚶不同地理群体的遗传多样性和它们的系统进化关系,以采自来自7个地理群体的150个泥蚶个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,分析泥蚶群体的遗传多样性;计算泥蚶不同地理群体间的遗传距离及遗传分化系数,基于泥蚶群体平均遗传距离构建UPGMA聚类树;以毛蚶Anadara sativa为外群,用MEGA6.0软件中的ML法构建了泥蚶单倍型之间的系统进化树以及用Network4.6软件分析了所有单倍型的中介网络图.结果表明,泥蚶线粒体COI的基因片段的PCR产物大小约为509 bp.在目的序列片段中检测到了14个多态性位点,包括6个简约信息位点和8个单变异多态性位点,组成16个单倍型.群体中的核苷酸多态性和单倍型多态性均处于较低的水平,日本、海南、韩国三个群体的遗传变异程度相对较高.7个群体间的遗传距离在0.0002～0.0022之间,种群遗传分化系数(FST)值在-0.01646～0.34422之间.通过构建UPGMA聚类树,发现广西、江苏、山东三个群体聚成一个小支,之后依次和浙江、海南、韩国、日本聚在一起,但总体而言泥蚶的不同地理群体之间并没有形成明显的遗传分化.ML系统进化树和中介网络图表明在16个单倍型中,各单倍型之间未形成与其地理群体空间分布相对应的聚类单元,也不存在明显的进化关系.