甘蓝ARF基因家族的鉴定与生物信息学分析

• 作者: 卫聪聪 吴根堃 江定 陈长明
• 来源期刊: 北方园艺
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蓝 ARF 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（19）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 16-24
• 页数: 9页
• 分类号: S635.601
• 字数: 4535字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11937/bfyy.20170746

摘要

生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族是植物特有的转录因子家族,在调控植物生长发育过程中起重要作用.以公布的甘蓝基因组数据库为基础,采用生物信息学方法鉴定出29个ARF基因,命名为BoARFs,研究分析了其基因结构、染色体分布、蛋白质保守结构域、系统进化树及表达模式,以期为甘蓝ARF基因家族功能的深入研究提供参考依据.结果表明:BoARF家族基因结构相对复杂,含有2～14个外显子;在染色体上呈不均匀分布,除BoARF29基因未定位到染色体上外,其它基因均定位在不同的染色体上;所有BoARF蛋白均具有保守的B3结构域和Auxin_resp结构域,但只有21个BoARF蛋白包含1～2个AUX/IAA结构域;转录组数据表达模式分析表明,ARF基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈长明	华南农业大学园艺学院	17	27	3.0	4.0
2	卫聪聪		6	11	2.0	3.0
3	江定	华南农业大学园艺学院	2	3	1.0	1.0
4	吴根堃	华南农业大学园艺学院	2	3	1.0	1.0