基于显露子串挖掘的基因序列模体识别算法

• 作者: 侯俊 张懿璞 闫茂德 阚丹会
• 来源期刊: 现代电子技术
• 关键词: 染色质免疫共沉淀 显露子串 模体识别 FastESE
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 科学计算与信息处理
• 页码范围: 6-10
• 页数: 5页
• 分类号: TN911-34|TP301.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.16652/j.issn.1004-373x.2017.12.002

摘要

染色质免疫共沉淀技术将模体识别问题拓展到了全基因组范围,但因数据量过大,传统的模体识别算法往往运算过慢从而无法很好地解决此问题.为了解决传统算法的缺点,提出一种用于ChIP-seq数据的替换显露子串寻找问题的算法FastESE,通过测试集和控制集的比对找出显露子串并搜索其(l,d)替换实例组成相应的位置概率矩阵,再使用权重信息量对这些子串进行聚类,最终找出集合中的替换显露子串.使用真实的ChIP-seq数据对该研究算法进行有效性验证,实验结果表明,FastESE可以在合理时间内有效解决ChIP-seq中的模体识别问题.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	闫茂德	长安大学电子与控制工程学院	83	798	17.0	25.0
2	张懿璞	长安大学电子与控制工程学院	3	2	1.0	1.0
3	侯俊	长安大学信息工程学院	6	12	2.0	3.0
4	阚丹会	长安大学电子与控制工程学院	3	7	2.0	2.0