椎间盘退变纤维环及髓核异常表达基因的比较及生物信息学分析

• 作者: 万中元 任大江 单建林 宋芳 李放 赵广民
• 来源期刊: 现代生物医学进展
• 学科: 医学
• 关键词: 椎间盘退变 纤维环 髓核 基因芯片 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 761-765
• 页数: 5页
• 分类号: R681.57
• 语种: 中文
• DOI: 10.13241/j.cnki.pmb.2017.04.042

摘要

目的:通过对已公开发表的基因芯片表达谱数据进行研究,探究椎间盘退变过程中纤维环与髓核组织的基因表达差异,并采用生物信息学方法对差异进行分析.方法:经GEO数据库选取两组椎间盘退变相关的基因芯片表达谱数据GSE23130及GSE67567,GSE23130所研究标本来源于正常及退变纤维环组织,GSE67567标本来源于正常及退变髓核组织.对上述数据系列进行质量分析,GSE23130及GSE67567各有10例样本数据被纳入实验.采用GeneSpring 13.0软件对GSE23130正常及退变纤维环间差异表达基因及GSE67567正常及退变髓核间差异表达基因分别进行筛选,利用KEGG PATHWAY和DAVID功能注释簇集分析分别对GSE23130及GSE67567上调及下调基因进行生物信息学分析.结果:GSE23130及GSE67567各筛选出差异表达基因3182个和3017个,其中135个基因在上述两个基因表达谱数据中均存在差异表达.针对两组数据进行的KEGG PATHWAY分析发现TGF-beta signaling pathway和regulation of apoptosis等数个相同的生物学通路及DAVID功能注释簇集;此外,还发现了数个与GSE23130及GSE67567单独相关的DAVID功能注释簇集.结论:椎间盘退变过程中纤维环及髓核组织内基因表达情况存在差异,两种组织内发生的生物过程不尽相同.某些生物学过程在两种组织内均出现异常改变,这些生物学过程中的异常变化可能是椎间盘退变的关键环节,值得进行深入研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李放	北京军区总医院骨科	149	1171	18.0	26.0
2	赵广民	北京军区总医院骨科	44	342	11.0	16.0
3	单建林	北京军区总医院骨科	51	340	12.0	15.0
4	任大江	北京军区总医院骨科	36	274	9.0	15.0
5	万中元	北京军区总医院骨科	4	16	2.0	4.0
6	宋芳	第二炮兵总医院口腔科	2	4	1.0	2.0