基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析

• 作者: 周思泓 方辉 曲俊杰 潘凤英 蒋胜理
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 毛葡萄 转录组 高通量测序 简单重复序列(SSR)
• 年，卷（期）: 2017,（20）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 64-67
• 页数: 4页
• 分类号: S663.101
• 字数: 3368字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2017.20.013

摘要

利用毛葡萄叶片高通量转录组测序数据进行简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)搜索并对其所在的序列进行注释,从而为毛葡萄分子标记开发提供有效信息.从35238条质量较高的unigene中搜索到4428个SSR位点,对这些序列进行基因本体(gene ontology,简称GO)、同源蛋白质簇(cluster of orthologous groups of proteins,简称COGs)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyslopedia of genes and genomes,简称KEGG)分类,给出功能注释和Pathway注释,共注释了3197条unigene.COG数据库将SSR序列分成25类,通过GO分类和KEGG富集性分析,将SSR序列分别归类于38个GO类别和103条通路.这些序列涉及了许多重要的生物功能和代谢途径,预示着这些潜在的标记可能与重要的生物功能有关,这些信息为毛葡萄分子标记的开发和应用奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周思泓		3	6	2.0	2.0
2	曲俊杰		7	16	2.0	3.0
3	方辉		7	7	2.0	2.0
4	潘凤英		2	4	2.0	2.0
8	蒋胜理		2	2	1.0	1.0