西藏野生甜荞碳酸酐酶基因FsCA1的克隆和生物信息学分析

• 作者: 侯维海 旦巴 王建林 胡单
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 西藏甜荞 碳酸酐酶 FsCA1基因 三维结构预测 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 20-23
• 页数: 4页
• 分类号: S188
• 字数: 3988字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2017.10.005

摘要

依据已公布的荞麦转录组测序信息,从Contig文库中获得了1个碳酸酐酶(carbonic anhydrase,简称CA)转录本,通过逆转录PCR(RT-PCR)扩增得到CA基因全长序列.生物信息学分析表明,FsCA1基因全长1 233 bp,开放阅读框978 bp,编码325个氨基酸;分子量35.11 ku,等电点7.59;包含9个0-螺旋、6个β-折叠、多个无规则卷曲和延伸链;含有1个信号肽和1个跨膜区;具有β-类碳酸酐酶典型的2个氨基酸保守域.亚细胞定位显示,该蛋白出现在叶绿体中的可能性最大.利用同源建模法构建了FsCA1三维结构模型,表明甜荞CA与豌豆CA同型八聚体能很好地匹配,推测甜荞CA也是同型八聚体.用实时荧光定量PCR检测FsCA1在荞麦不同器官中的表达水平,结果显示,FsCA1在叶中表达水平最高,其次是在茎中,在根中表达水平最低.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王建林	西藏农牧学院西藏高原作物分子育种实验室	111	1011	18.0	27.0
2	胡单	西藏农牧学院西藏高原作物分子育种实验室	22	144	7.0	11.0
3	旦巴	西藏农牧学院西藏高原作物分子育种实验室	38	236	8.0	14.0
4	侯维海	西藏农牧学院西藏高原作物分子育种实验室	15	43	4.0	5.0