基于EST序列的茶代谢网络的构建

• 作者: 周文卫 张正东 申铁 谢晓尧
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: Cytoscape Web EST 超图 代谢网络 茶叶
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 29-32
• 页数: 4页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3636字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2017.11.008

摘要

茶树体内的生化反应所生成的各种功能性化合物是茶叶具有营养和健康功能的物质基础,也是茶叶品质的决定因素.这些生化反应由茶树基因编码的酶催化并组成复杂的代谢网络.首先通过开源工具包jsoup开发异步数据采集程序,从布伦瑞克酶数据库(braunschweig enzyme database,简称BRENDA)和美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上获取酶序列及其催化反应、GI号、EC编码对应关系等相关信息,建立本地酶数据库;其次从NCBI上下载FASTA格式的茶树表达序列标签(expressed sequence tag,简称EST)序列数据,通过GI号查询本地酶数据库,得到酶催化反应信息,继而基于超图思想利用Cytoscape Web API重构茶代谢网络;最后对EST序列信息进行统计分析,并从多个维度对构造的代谢网络进行拓扑特性、KEGG路径、生物意义的深入分析,对茶树内生化反应的理解、新功能基因的挖掘、茶叶品质的提升、新茶产品的开发具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢晓尧	贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室	101	352	9.0	12.0
2	申铁	贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室	6	7	2.0	2.0
3	周文卫	贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室	3	1	1.0	1.0
4	张正东	贵州大学计算机科学与技术学院	2	0	0.0	0.0