迟缓爱德华氏菌刺激对牙鲆转录组差异基因表达的影响

• 作者: 周密 孙金生 李庆亚 潘宝平 耿绪云 郑津辉 高虹
• 来源期刊: 天津师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 牙鲆 转录组 迟缓爱德华氏菌 高通量 RNA测序 差异基因表达
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 21-28
• 页数: 8页
• 分类号: Q954
• 字数: 5410字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19638/j.issn1671-1114.20180206

摘要

为了研究迟缓爱德华氏菌刺激下牙鲆基因表达作出的响应,采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对迟缓爱德华氏菌刺激的牙鲆和未受刺激牙鲆的肾脏进行转录组测序,并对差异基因进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SNP(单核苷酸多态性)分析、SSR(简单重复序列)分析等.结果表明,用Trinity软件对clean reads进行拼接后,聚类得到222 980条转录本,总长200 234 420 bp,平均长度898 bp,N50为1 886 bp.对组装的序列进行基因功能注释后,有99 808条序列得到了注释.筛选出2 502个差异表达比较显著的基因,表达量上调的有1 280个,下调的有1 222个.GOseq结果显示差异基因显著富集在38个GO terms上,包括6个细胞组分、12个生物学过程和20个分子功能.差异基因共获得277个KEGG通路富集,627个差异基因显著富集到20条信号通路上,其中,8个与信号通路有关,3个与发育有关,9个与相关疾病有关.