基于关键功能模块挖掘的蛋白质功能预测

• 作者: 刘臻 张帆 李学勇 杨品红 田清龙 胡赛 赵碧海
• 来源期刊: 自动化学报
• 关键词: 功能预测 多关系网络 蛋白质相互作用 关键功能模块
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 论文与报告
• 页码范围: 183-192
• 页数: 10页
• 字数: 8753字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16383/j.aas.2018.c160592

摘要

精确注释蛋白质功能是从分子水平理解生物体的关键.由于内在的困难和昂贵的开销,实验方法注释蛋白质功能已经很难满足日益增长的序列数据.为此,提出了许多基于蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络的计算方法预测蛋白质功能.当今蛋白质功能预测的趋势是融合蛋白质相互作用网络和异构生物数据.本文提出一种基于多关系网络中关键功能模块挖掘的蛋白质功能预测算法.关键功能模块由一组紧密联系且共享生物功能的蛋白质组成,它们能与网络中的剩余部分较好地区分开来.算法通过从多关系网络的每一个简单网络中挖掘高内聚、低耦合的子图形成关键功能模块.关键功能模块中邻居蛋白质的功能用于注释待预测功能的蛋白质.每一个简单网络在蛋白质功能预测中的重要性各不相同.实验结果表明,提出的方法性能优于现有的蛋白质功能预测方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨品红	湖南文理学院生命科学学院	90	365	12.0	15.0
2	刘臻	长沙学院生物与环境工程学院	42	155	7.0	9.0
3	胡赛	长沙学院计算机工程与应用数学学院	10	29	4.0	5.0
4	赵碧海	长沙学院计算机工程与应用数学学院	15	35	4.0	5.0
5	李学勇	长沙学院计算机工程与应用数学学院	6	35	5.0	5.0
6	田清龙	长沙学院计算机工程与应用数学学院	5	11	2.0	3.0
7	张帆	长沙学院计算机工程与应用数学学院	1	6	1.0	1.0