大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析

• 作者: 代立兰 庄健 徐琼 牛元 王嵛德 赵亚兰
• 来源期刊: 西北林学院学报
• 关键词: 大花香水月季 叶绿体基因组 GC含量 密码子使用 最优密码子
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 林木遗传育种与培育
• 页码范围: 123-130
• 页数: 8页
• 分类号: S685.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-7461.2018.03.19

摘要

以大花香水月季叶绿体基因组为研究对象,利用codonW等软件,通过分析大花香水月季叶绿体基因组54个基因密码子的使用偏性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素.结果表明:1)中性绘图分析显示GC3与GC12的相关系数为0.141,不显著相关,说明密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联.2)ENC绘图分析显示,期望值曲线下方分布了大部分基因,偏性较强,而仅少量基因沿曲线分布或在曲线附近,偏性较弱.3)基于RSCU的对应性分析表明,第1轴能够解释基因总变异的10.35％,第1轴与CAI、CBI呈负显著相关.4)PR2-plot分析显示,密码子第3位碱基的使用存在偏性,嘧啶比嘌呤使用更为频繁.5)最终确定了TTT、CTT和TCA等13个最优密码子,且均以A或T结尾.综上所述,大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱,更多地受到如选择压力等其他因素的影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐琼		36	203	6.0	13.0
2	代立兰		18	89	5.0	9.0
3	牛元		8	15	3.0	3.0
4	王嵛德		7	19	3.0	4.0
5	庄健		4	10	2.0	3.0
6	赵亚兰		5	15	3.0	3.0