福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析

• 作者: 吴冰珊 翁育伟 陈凤钦 黄业伟 黄枝妙
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 星状病毒(AstV) 全基因组 系统进化分析 重组
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 人类病毒研究论著
• 页码范围: 16-21
• 页数: 6页
• 分类号: R373.2
• 语种: 中文

摘要

为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp:5'端和3'端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框:ORF1a长2 802bp(86～2 887nt),编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp(2 827～4 374nt),编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp(4 367～6 718nt),编码结构蛋白衣壳蛋白前体.目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列:中国辽宁毒株(JQ403108)和巴西哥亚尼亚毒株(DQ028633),2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度最高,达94.4％.对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1 (JF327666)相似度最高,ORF1b和ORF2与HAstV-5 (JQ403108)相似度最高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游.本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考.