意大利蜜蜂工蜂中肠发育过程中长链非编码RNA的差异表达分析

• 作者: 付中民 杜宇 熊翠玲 王海朋 童新宇 耿四海 赵红霞 郑燕珍 郭睿 陈大福
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 意大利蜜蜂 中肠 发育 长链非编码RNA 上下游基因
• 年，卷（期）: 2018,（18）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·资源昆虫
• 页码范围: 3600-3613
• 页数: 14页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.18.016

摘要

[目的]长链非编码RNA (lncRNA)在真核生物的基因表达、表观遗传和细胞周期调控等方面发挥重要功能.本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis melliera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中lncRNA的表达谱及其作用.[方法]利用RNA-seq技术和链特异性建库方法对意蜂7和1 0日龄工蜂中肠(Am7、Am10)进行深度测序,下机的原始数据经过Perl脚本过滤得到高质量有效读段.利用bowtie工具将有效读段比对核糖体数据库,进一步利用TopHat2软件将未比对到核糖体数据库上的数据比对到参考基因组.利用CPC和CNCI软件对转录本的编码能力进行预测.通过RT-PCR对部分lncRNA进行鉴定.利用edgeR软件进行差异表达lncRNA (DElncRNA)分析,进而预测lncRNA的上下游基因,并对上下游基因进行GO及KEGG代谢通路富集分析.联用RNAhybrid、Miranda和TargetScan软件预测DElncRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的靶基因,并通过Cytoscape软件构建DElncRNAs-miRNAs-mRNAs的调控网络.最后,通过RT-qPCR验证测序数据的可靠性.[结果]Am7和Am10的深度测序分别获得134 802 058和147 051 470条原始读段,经严格过滤分别得到134 166 157和146 293 288条有效读段;共得到3 890个DElncRNA,包括2 005个上调lncRNA与1885个下调lncRNA.RT-PCR验证结果显示共有8个lncRNA能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的lncRNA真实存在.DElncRNA的上下游基因数为1 79 3个,它们涉及42个GO条目,包括代谢进程、发育进程、细胞进程、应激反应和免疫系统进程等;这些上下游基因还涉及251条代谢通路,包括碳代谢、嘌呤代谢和脂肪酸的生物合成等物质代谢通路,硫代谢、甲烷代谢和氧化磷酸化等能量代谢通路,Hippo信号通路、Wnt信号通路和Notch信号通路等信号通路,溶酶体、内吞作用和泛素介导的蛋白水解等细胞免疫通路,以及MAPK信号通路、Jak-STAT信号通路和NF-kappa B信号通路等体液免疫通路,上述结果表明DElncRNA在意蜂中肠发育过程中参与物质和能量代谢、细胞生命活动和免疫调控.进一步分析发现TCONS_00020918可通过调控西方蜜蜂王浆主蛋白1编码基因在意蜂工蜂中肠的营养吸收、级型分化中发挥功能.DElncRNA的调控网络分析结果显示DElncRNA与miRNA、mRNA间存在复杂的调控关系,部分DElncRNA处于调控网络的中心位置且能靶向结合较多的miRNA,也有部分miRNA可被多个DElncRNA共同靶向,表明这些DElncRNA可能在中肠发育中发挥重要作用.随机挑取5个DElncRNA进行RT-qPCR验证,结果显示它们的表达量变化趋势与测序结果一致,证实了本研究测序数据的可靠性.[结论]差异表达长链非编码RNA (DElncRNA)广泛参与意蜂工蜂中肠的新陈代谢、细胞活动和免疫调控并作为竞争性内源RNA (ceRNA)发挥作用,研究结果为关键lncRNA的筛选和功能研究提供了必要的数据支持.