基于SLAF-seq简化基因组技术的沙冬青SNP位点开发及遗传分析

• 作者: 亢福仁 杜忠毓 段义忠 王建武
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 蒙古沙冬青 SLAF-seq SNP 遗传分化
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 页码范围: 141-147
• 页数: 7页
• 分类号: Q941
• 字数: 5437字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2018.01.017

摘要

选取分布在内蒙古、宁夏、甘肃10个地点的沙冬青个体,用SLAF-seq简化基因组技术进行测序.以大豆基因组为参照,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库,并通过高通量测序的方式获得海量序列,再通过软件分析比对,获得多态性SLAF标签,最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点.结果共获得374 265个SLAF标签,其中多态性SLAF标签56 295个.通过序列分析,共开发得到127 278个SNP.对所有的SNP根据完整度＞0.5,MAF＞ 0.05过滤,共得到102025个高一致性的群体SNP.基于过滤后的SNP,运用数学统计学方法,对10份沙冬青个体完成系统进化树、群体结构、PCA分析,从基因组水平揭示不同个体之间的遗传分化关系.结果表明,通过群体结构分析发现这10个地点的沙冬青都来源于同一祖先,但由于地理位置的影响使得这10个地点的沙冬青在生长发育过程中发生了遗传分化.通过系统进化树发现分布在内蒙古的沙冬青具有较近的亲缘关系,甘肃和宁夏的沙冬青有较近的亲缘关系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	亢福仁	榆林学院生命科学学院	49	275	9.0	14.0
3	段义忠	榆林学院生命科学学院	30	108	6.0	9.0
5	王建武	榆林学院生命科学学院	26	58	4.0	6.0
7	杜忠毓	榆林学院生命科学学院	6	17	2.0	4.0