2013～2014年山东省4株柯萨奇B4型分离株遗传分析

• 作者: 丁淑军 史卫峰 张振杰 李娟 江新泉 王敏 王显军 童贻刚 韦庆娟
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 柯萨奇病毒B4型(CVB4) 系统发育分析 VP1 基因重组
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 人类病毒研究论著
• 页码范围: 22-29
• 页数: 8页
• 分类号: R373.2+3
• 语种: 中文

摘要

尽管柯萨奇病毒B4 (Coxsackievirus B4,CVB4)分离率不高,但是在我国引起儿童脑炎的病例屡屡报道.目前人们对CVB4基因组的遗传变异了解并不多,GenBank公共数据库仅仅存储有20几个CVB4全基因组序列,分离自我国的CVB4基因组序列不足10条.本研究对2013～2014年山东省分离的4株CVB4阳性样本进行高通量测序,测得其全基因组序列,利用Mega 5.1对CVB4型毒株全基因组及VP1片段进行系统发生及同源性分析,用RDP3和SimPlot 3.5.1软件进行基因重组分析.结果显示这4株病毒为柯萨奇病毒B4(Coxsackievirus B4,CVB4)型,全基因组序列长度分别为7 372bp、7 389bp、7 389bp和7 391bp,核苷酸同源性为97.1％～99.9％,氨基酸同源性为98.5％～99.9％.与2013年温州CVB4分离株CVB4/P11/2013/China(GenBank登录号:KP289433)分离株同源性最高,核苷酸及氨基酸同源性分别为97.1％～98.3％和98.6％～99.4％.对VP1基因进行系统发育树分析表明,VP1基因可划分成5个基因型,基因型内部序列距离小于15％,而基因型间距离均大于15％.另外,4株CVB4分离株VP1的进化关系较近,同近年来国内其他分离株单成一簇,属于基因型V分支.经RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析发现,这四个CVB4分离株均发生了基因重组,分离株SDJN/CHN/2013可能发生了两次基因重组.综上,这4个CVB4分离株基因组高度相似,均位于基因型V分支,且基因组发生了基因重组.