巴什拜羊骨骼肌不同发育阶段差异表达miRNA研究

• 作者: 张伟 杨力伟 王世银 甘尚权 石国庆 邓双义
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 巴什拜羊 骨骼肌 miRNA 差异表达 发育
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 104-112
• 页数: 9页
• 分类号: S826.8
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.01.011

摘要

miRNA在绵羊(Ovis aries)骨骼肌生长发育过程中发挥着重要的调控作用.为了挖掘巴什拜羊骨骼肌不同发育阶段差异表达miRNA,为深入解析miRNA与巴什拜羊优良肉质性状的关联性提供基础数据,本研究应用Solexa测序技术对巴什拜羊胎儿期(40,50,60,80,100和120 d)及出生当天和出生后(30,60和90 d)骨骼肌组织混合样品的miRNA表达情况及差异表达miRNA进行了研究.胎儿期和出生后骨骼肌组织中分别测得11.82 M和11.51 M的clean reads,及0.31和0.28 M的unique sequences,其中miRNA序列分别占Unique sequences的20％和17％.通过与miRBase (V21.0)收录的miRNA序列比对,胎儿期和出生后分别获得537个和496个物种间保守miRNA,分别有102个和115个与绵羊miRNA相匹配.剩余序列比对至绵羊表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)数据库,结合Mfold和MiPred程序预测miRNA,分别预测到486个和510个新的miRNA.胎儿期和出生后共得到385个差异表达的miRNA(表达量变化2倍以上),其中上调203个,下调182个.采用TargetScan、Pietar和miRanda软件对上调和下调前10位共计20个miRNA的靶基因进行预测,并选择至少出现在两个软件预测结果中的靶基因参与后续分析,共预测3 852个靶基因.进一步分析表明,预测到的靶基因参与促分裂素原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPK)、WNT(wingless type MMTV integration site family members)和黏附连接(adherens junction)等重要的信号通路.本研究结果丰富了绵羊骨骼肌中miRNA表达的相关数据,为进一步阐明miRNA在绵羊骨骼肌发育中的调控机制提供了依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邓双义		35	70	4.0	6.0
2	王世银		25	47	4.0	5.0
3	杨力伟		22	42	4.0	5.0