百合斑驳病毒云南分离物全基因组序列分析及CP结构预测

• 作者: 孙健 李凡 李月月 谭冠林 马琨玲
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 百合斑驳病毒 基因组 外壳蛋白 特性 结构预测
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 细胞生物学、生理学、生物化学、分子生物学
• 页码范围: 187-194
• 页数: 8页
• 分类号: S432.41
• 语种: 中文
• DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000213

摘要

对云南嵩明百合上发生的百合斑驳病毒(Lily mottle virus,LMoV)进行全基因组序列测定及分析,并对LMoV嵩明分离物(LMoV-SMi1、LMoV-SMi2)和玉溪分离物(LMoV-YXi1、LMoV-YXi2)外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行序列比较,发现云南的LMoV分为2个类群,玉溪分离物属于种群Ⅰ,嵩明分离物属于种群Ⅱ.2个类群间的核苷酸和氨基酸同源性分别为86.7％ ～89.5％、90.1％ ～92.7％,玉溪分离物和嵩明分离物相比,cp基因发生了3个核苷酸的缺失.对国内外LMoV所有分离物的cp基因氨基酸序列进行系统进化分析,结果表明所有LMoV分离物可划分为2个种群,种群1分离物较种群Ⅱ分离物几乎均存在1个苏氨酸缺失的差异.此外,对LMoV-SMi2的CP相关特性和空间结构进行了初步预测,认为该蛋白为球状,具有较强的表面可能性,不存在跨膜区域,大多数区域能够形成主要的抗原决定簇,主要集中在aa12-22、aa31-42、aa83-99、aa179-191、aa215-223、aa249-259区段,可作为制备抗血清选择抗原的参考.LMoV-SMi2和LMoV-YXi1在二级结构和三级结构上存在一定的差异,但总体空间结构差异不大.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李凡		63	368	10.0	15.0
2	谭冠林		13	19	3.0	4.0
3	李月月		2	2	1.0	1.0
4	孙健		2	4	1.0	2.0
5	马琨玲		1	0	0.0	0.0