马铃薯甲虫基因组SSR位点分析及引物效率的验证

• 作者: 付开赟 何江 刘旸 吐尔逊 郭文超
• 来源期刊: 环境昆虫学报
• 学科: 农学
• 关键词: 马铃薯甲虫 基因组 SSR位点分析 引物效率
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 633-644
• 页数: 12页
• 分类号: Q963|S433.5
• 字数: 9347字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-0858.2018.03.17

摘要

SSR作为一种微卫星分子标记方法,被广泛用于遗传多样性相关的研究,而SSR引物是否高效是影响整个实验结果的重要因素.本研究利用生物信息学手段,对马铃薯甲虫基因组数据进行分析,搜索基因组SSR位点,并设计引物和验证SSR引物的效率.最终在马铃薯甲虫基因组中共检测出SSR位点81 937个,且这些位点中以单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复为主;从SSR位点的平均分布距离来看,单、三、四核苷酸重复在马铃薯甲虫基因组中平均分布距离较小,分别为2.21 kb、8.39 kb、36.21 kb.马铃薯甲虫基因组SSR位点中,优势基序总数为68 388个,比例高达83.46％,其中,单核苷酸以A/T重复基序占绝对优势,二核苷酸重复的SSR位点中,以AG/CT重复基序为主,三核苷酸重复的位点中,以AAT/ATF重复基序为主;在Class Ⅰ长度的SSR位点中,以二核苷酸、三核苷酸重复的数量最多,比例高达82.32％;最后设计19对SSR引物测试效率,其中14对成功扩增条带,11对为多态性引物,其平均多态性条带6.27条.多态性引物的PIC值在0.375-0.794,平均值为0.600,大于平均值的引物为6对,占有效扩增引物的54.5％.研究表明,利用生物信息发掘SSR位点的方法简便高效,这为后续进一步利用SSR引物研究马铃薯甲虫的遗传多样性,及在其它昆虫中开发SSR引物开发奠定研究基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吐尔逊	新疆农业科学院植物保护研究所/农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室	26	295	10.0	16.0
2	郭文超	新疆农业科学院微生物应用研究所	62	552	14.0	20.0
3	何江	新疆农业科学院植物保护研究所/农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室	24	233	9.0	14.0
4	付开赟	新疆农业科学院植物保护研究所/农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室	7	18	2.0	4.0
5	刘旸	石河子大学农学院	2	10	2.0	2.0