黄独微型块茎低温离体保存的转录组分析

• 作者: 刘行 吴辉 洪森荣 熊思敏 罗霞 钟露
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 农学
• 关键词: 黄独 微型块茎 低温离体保存 转录组分析
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 页码范围: 100-109
• 页数: 10页
• 分类号: S632.1
• 字数: 5799字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2018.01.012

摘要

以黄独微型块茎为材料,进行了4℃低温离体保存,并对其进行了转录组分析.结果表明:原始数据进行质量预处理后,对照组(Con25)和处理组(Con4)的reads有效比分别为98.67％和98.69％;对拼接序列去重复后最终得到了219 792个长度大于200bp的transcripts(177 Mb)和161066个Unigenes (99 Mb);Unigenes的NR注释数目最多的10个物种分别为出芽短梗霉EXF-150、葡萄、可可、水稻粳稻组、无油樟、谷子、出芽短梗霉变种nami-biae CBS 147.97、麻疯树、短至生黑醋杆菌CBS 110374和无花果拟盘多毛孢w106-1;样本注释基因最多的5个KOG是一般的功能预测、信号转导机制、翻译后修饰和蛋白质周转以及伴侣、翻译和核糖体结构和生物合成、能源生产和转换;样本KEGG注释Unigenes最多的5个pathway分别为碳代谢、氨基酸生物合成、糖酵解途径、淀粉蔗糖代谢和丙酮酸代谢.注释到的Unigenes个数为26006,注释到的不同酶数为1 177,映射到的不同pathway数为327;样本基因的功能在Biological Process分类中主要聚集于cellular process和metabiolic process,在Cellular Component分类中主要聚集于cell和cell part,在Molecular Function分类中主要聚集于binding和catalytic activity;在黄独微型块茎低温离体保存中,共获得164 145个差异表达基因,其中有63 305个基因表达上调,有100 840个基因表达下调;差异表达基因部分极其显著的GO term有液泡继承、单链断裂修复、纺锤体伸长、麦芽糖分解代谢过程、甘露糖基转移酶的活性、甘露糖磷酸转移酶活性、细胞壁甘露糖蛋白的生物合成过程、G1期细胞有丝分裂周期早期细胞芽和有丝分裂纺锤体定位的建立;差异表达基因部分极其显著的pathway有原发性胆汁酸的生物合成、类固醇激素的合成、氯代环己烷和氯苯降解、双酚A降解、氟苯甲酸降解、糖胺聚糖合成硫酸软骨素、糖胺聚糖合成硫酸乙酰肝素、甲苯降解、萘的降解和核黄素代谢.本实验结果可为黄独微型块茎的种质保存和后续萌发提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	洪森荣	上饶师范学院生命科学学院	118	484	12.0	16.0
2	吴辉	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
3	钟露	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
4	熊思敏	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
5	罗霞	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0
6	刘行	上饶师范学院生命科学学院	2	0	0.0	0.0