甜菜MADS-box家族基因的全基因组鉴定及进化分析

• 作者: 傅小鹏 吴俊池 唐嘉蔚 孔维龙 张丽平 张康达 潘辉
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甜菜 MADS-box 全基因组 家族基因
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 页码范围: 86-95
• 页数: 10页
• 分类号: Q78|S566.03
• 字数: 6578字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2018.01.014

摘要

为了进一步了解MADS-box家族基因的功能,利用生物信息学的手段,首次对甜菜MADS-box基因进行了全基因组的鉴定,并对其染色体定位、系统发生关系、基因结构、保守元件、表达模式以及蛋白功能联系进行预测和分析.结果表明,甜菜MADS-box基因共34个成员,其中,type Ⅰ成员7个和type Ⅱ成员27个,type Ⅰ进一步分为Mα (3)、Mβ(1)、Mγ(3)3个组;type Ⅱ进一步分为MIKCC(22)和MIKC?(5) 2个组,MIKCC组可进一步分为AG(2)、AGL12(2)、AP3-PI(4)、Bs(2)、SOC1(1)、SVP(1)、SEP(3)、AGL17(5)、AP1-FUL(1)和FLC(1)10个亚组.MADS-box家族基因在染色体上呈不均匀分布,同一染色体上的基因簇状分布,其中,第6号染色体上分布最多,在第7号染色体上没有分布.甜菜 MADS-box家族基因虽然基因结构差别较大,但蛋白序列相对保守.基因表达谱显示,大部分MADS-box基因优势表达于分生组织,部分MADS-box基因在种子、直根、幼叶等组织亦有较高表达.部分MADS-box基因响应盐、热胁迫轻微上调,可能参与甜菜逆境生理调控.