群体遗传变异鉴定工具系统比较

• 作者: 卢鹏 张剑锋 张慧 李泽锋 许亚龙 金静静
• 来源期刊: 烟草科技
• 学科: 生物学
• 关键词: 下一代测序 重测序 群体遗传变异 系统比较
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 烟草农学
• 页码范围: 8-14
• 页数: 7页
• 分类号: Q-31
• 字数: 4019字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16135/j.issn1002-0861.2017.0189

摘要

针对不同大小的数据集,为选出最适合的群体遗传变异鉴定工具,对常用的samtools、gatk、freebayes和sambamba软件进行了比较.利用不同的变异鉴定工具对3个不同大小基因组(拟南芥、水稻和人)的重测序数据和烟草1号连锁群进行了变异提取.单样本数据和多样本数据的比较结果都表明, samtools和sambamba软件倾向于寻找比较全面的变异,而gatk和freebayes软件倾向于寻找准确率较高的变异.在速度方面,sambamba软件明显快于其他软件,gatk软件在多样本数据分析方面具有一定的速度优势.在内存消耗方面,gatk软件明显大于其他软件.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许亚龙	中国烟草总公司郑州烟草研究院	3	8	1.0	2.0
2	李泽锋	中国烟草总公司郑州烟草研究院	3	12	2.0	3.0
3	卢鹏	中国烟草总公司郑州烟草研究院	3	12	2.0	3.0
4	张剑锋	中国烟草总公司郑州烟草研究院	1	0	0.0	0.0
5	张慧	中国烟草总公司郑州烟草研究院	1	0	0.0	0.0